Em uma época em que o poder religioso confundia-se com o poder real, o Papa Gregório IX, em 20 de abril de 1233 editou duas bulas que marcam o início da Inquisição, instituição da Igreja Católica Romana que perseguiu, torturou e matou vários de seus inimigos, ou quem ela entendesse como inimigo, acusando-os de hereges, por vários séculos. A bula "Licet ad capiendos", a qual verdadeiramente marca o início da Inquisição, era dirigida aos dominicanos, inquisidores,  e era do seguinte teor: "Onde quer que os ocorra pregar estais facultados, se os pecadores persistem em defender a heresia apesar das advertências, a privar-los para sempre de seus benefícios espirituais e proceder contra eles e todos os outros, sem apelação, solicitando em caso necessário a ajuda das autoridades seculares e vencendo sua oposição, se isto for necessário, por meio de censuras eclesiásticas inapeláveis"

No mesmo ano, foi nomeado inquisidor da região de "Loira",  Roberto el Bougre, que com saques e execuções em massa, logo após dois anos foi promovido a responsável pela inquisição em toda a França. Em 1252, o Papa Inocêncio IV editou a bula "Ad extirpanda", a qual instucionalizou o Tribunal da Inquisição e autorizava o uso da tortura. O poder secular era obrigado a contribuir com a atividade do tribunal da igreja.

Tribunal da Inquisição, Goya

Nos processos da inquisição a denúncia era prova de culpabilidade, cabendo ao acusado a prova de sua inocência. O acusado era mantido incomunicável; ninguém, a não ser os agentes da Inquisição, tinha permissão de falar com ele; nenhum parente podia visitá-lo. Geralmente ficava acorrentado. O acusado era o responsável pelo custeio de sua prisão. O julgamento era secreto e particular, e o acusado tinha de jurar nunca revelar qualquer fato a respeito dele no caso de ser solto. Nenhuma testemunha era apresentada contra ele, nenhuma lhe era nomeada; os inquisidores afirmavam que tal procedimento era necessário para proteger seus informantes. A tortura só era aplicada depois que uma maioria do tribunal a votava sob pretexto de que o crime tornara-se provável, embora não certo, pelas provas. Muitas vezes a tortura era decretada e adiada na esperança de que o medo levasse à confissão. A confissão podia dar direito a uma penalidade mais leve e se fosse condenado à morte apesar de confesso, o sentenciado podia "beneficiar-se" com a absolvição de um padre para salvá-lo do inferno. A tortura também podia ser aplicada para que o acusado indicasse nomes de companheiros de heresia. As testemunhas que se contradiziam podiam ser torturadas para descobrir qual delas estava dizendo a verdade.   Não havia limites de idade para a tortura, meninas de 13 anos e mulheres de 80 anos eram sujeitas à tortura. As penas impostas pela inquisição iam desde simples censuras (leves ou humilhantes), passando pela reclusão carcerária (temporária ou perpétua) e trabalhos forçados nas galeras, até a excomunhão do preso para que fosse entregue às autoridades seculares e levado à fogueira. Castigos esses normalmente acompanhados de flagelação do condenado e confiscação de seus bens em favor da igreja. Podia haver privação de herança até da terceira geração de descendentes do condenado. Obrigação de participar de cruzadas tembém foi pena durante o século XIII. Na prisão perpétua, considerada um gesto de misericórdia, o condenado sobrevivia a pão e água e ficava incomunicável. Nem o processo nem a pena suspendiam-se com a morte, pois a inquisição mandava "queimar os restos mortais do hereje e levar as cinzas ao vento", confiscando as propriedades dos herdeiros. Havia também, muito comum na inquisição portuquesa e na espanhola, a execução em efígie, onde era queimada a imagem do condenado, quando este fugia e não era encontrado. Livros também eram levados à fogueira.

O inquisidor Nicolau Eymerich, em 1376, escreveu o "Directorium Inquisitorum" (Manaul dos Inquisidores), onde encontramos conceitos, normas processuais a serem seguidas, termos e modelos de sentenças a serem utilizadas pelos inquisidores:

HEREGE

ÀS AUTORIDADES CIVIS

SENTENÇA DE ABSOLVIÇÃO

EXPIAÇÃO OU PURGAÇÃO

INTERROGATÓRIO (TORTURA)

ABJURAÇÃO (LEVE SUSPEITA)

ABJURAÇÃO (GRAVE SUSPEITA)

ABJURAÇÃO (VIOLENTA SUSPEITA)

CONDENAÇÃO HEREGE PENITENTE RELAPSO

CONDENAÇÃO HEREGE IMPENITENTE NÃO RELAPSO

Fontes: - Historia de la Inquisicion, I.Grigulevich, Ed.Progresso, 1976
- A História da Civilização, Will Durant, vol. VI, Ed. Record, 2ªed., 1957
- Mirador Intarnacional, Ed. Milano, 1970