Miercurea-Ciuc s-a format în vecinătatea localităţilor deja existente: Şumuleu (1333), Topliţa-Ciuc şi Jigodin (sec. XII-XII.) pe locul unde se ţineau târgurile în zilele de miercuri - de unde vine şi denumirea oraşului.

Primul document autentic cunoscut care atestă existenţa oraşului ca "oraş de câmpie" este scrisoarea de privilegii eliberată de regina Izabella, mama lui János Zsigmond, Principele Transilvaniei, datată la 5 august 1558, în care scuteşte locuitorii oraşului de biruri în afara birurilor cuvenite Porţii otomane.

Construirea cetăţii Mikó începe la 26 aprilie 1623 din ordinul lui Hidvégi Mikó Ferenc (1585-1635), consilier al principelui Bethlen Gábor, diplomat, cronicar, căpitan al scaunului Ciuc. Cetatea este reconstruită în forma actuală între anii 1714-1716 sub conducerea generalului imperial Steinwille, aşa cum atestă şi inscripţia în piatră aşezată deasupra porţii de intrare a cetăţii.

La Şumuleu din anul 1630 a funcţionat un gimnaziu franciscan, iar din anul 1676 tipografia monahului franciscan Johannes Kájoni.

În conscripţia din 1643 figurează 44 capi de familii, 108 persoane, 25 nume de familii. Primele comunităţi profesionale s-au format după anul 1649, breasla cizmarilor fiind consemnată în scrisoarea de privilegii emisă de Rákóczi Zsigmond la 4 noiembrie 1649.

În anul 1661 trupele turco-tătare conduse de Ali, paşă de Timişoara devastează Ciucul ca pedeapsă pentru participarea la expediţia militară împotriva Poloniei condusă de Rákóczi György al II-lea fără acordul Porţii. Despre atacul împotriva oraşului ne informează vestitul călător şi istoriograf turc Evlia Cselebi, ca martor ocular al evenimentelor, iar Kájoni consemnează: "Păgânii ... au jefuit tot Ciucul".

În anii 1650, 1665, 1677 şi 1707 în Miercurea-Ciuc s-au ţinut sfaturile generale ale scaunului Ciucului, prilej de comunicare a hotărârilor, constituţiilor acesteia. În şedinţa din 1707 s-a hotârât trimiterea, împreună cu vecinii din Trei Scaune (act. jud. Covasna) unui sol comun la principele Rákóczi Ferenc I., conducătorul luptei antihabsburgice. Conform recensământului din 1721 în oraş au existat 49 gospodării şi în jur de 250 suflete, în 1755, în timpul construirii bisericii romano-catolice acest număr ridicându-se la 450.

Teleki József, în jurnalul său de călătorie menţionează că în Miercurea- Ciuc în anul 1799 erau 83 de case.

Bem, generalul revoluţiei paşoptiste numeşte în fruntea trupelor din Secuime pe Gáll Sándor, cu reşedinţa în cetatea Mikó. Acesta trimite în tabăra revoluţionară mai multe batalioane formate aici.

În anul 1849 vizitează oraşul şi poetul revoluţiei, Petőfi Sándor, care în scrisoarea trimisă soţiei sale, Julia, scrie: "Împrejurimile Miercurea-Ciucului şi a Târgului Secuiesc sunt minunate".

Începând din mijlocul secolului al XIX-lea au fost anexate oraşului: Martonfalva, Csütörtökfalva (1891), iar în 1920 Jigodin, în 1959 Şumuleu şi Topliţa-Ciuc.

În anul 1878 Miercurea-Ciuc a devenit reşedinţa judeţului Ciuc.

Calea ferată dată în folosinţă la 5 aprilie 1897 a adus schimbări radicale în dezvoltarea oraşului. Se înfiinţează unităţi industriale de prelucrarea lemnului, de industrie uşoară şi de construcţii de maşini. În anul 1888 se reconstruieşte spitalul, în 1898 se termină construcţia clădirii Primăriei, iar în 1911 clădirea actualului Liceul Márton Áron în care se mută şcoala medie înfiinţată în Şumuleu în 1630.

În anul 1910 au trăit în oraş 3701 persoane, iar în anul 1930 Miercurea-Ciuc avea 4807 locuitori.

Miercurea-Ciuc şi după cel de al II-lea război mondial a rămas centrul regiunii, în 1968 devenind reşedinţa judeţului Harghita. De la această dată s-a intensificat industrializarea forţată a oraşului, ducând la modificări semnificative în structura populaţiei oraşului. Conform datelor recensământului din 7 ianuarie 1992 populaţia oraşului este de 46029 persoane.

Din planul oraşului amintind de litera T pe vremea lui Orbán Balázs în zilele noastre a rămas doar partea orizontală, adică strada Petőfi cât de cât în forma veche. Majoritatea clădirilor din str. Petőfi au fost construite la sfârşitul secolului XIX. sau la începutul secolului XX. Clădirile vechi din strada Florilor au fost demolate în anii 1980-1989.

Dintre cele mai importante clădiri civile ale oraşului amintim cetatea Mikó, construită în 1623, spitalul ORL (care a fost construită original ca sediu al comandamentului trupelor de grăniceri) şi spitalul de boli contagioase, amândouă construite pe la sfârşitul anilor 1700. Clădirea Primăriei a fost construită în 1888 şi aici a funcţionat sediul judeţului Ciuc. După revoluţia din 1848 s-a construit spitalul vechi aflat lângă cetatea Mikó. Palatul Justiţiei a fost construit în 1905, iar Liceul Márton Áron s-a dat în folosinţă în 1911. Pe timpul celui de al doilea război mondial s-a construit Hotelul Harghita (astăzi aparţine Jandarmeriei) iar între cele două războaie mondiale clădirea Băncii Naţionale. Casa de Cultură Municipală a fost construită în 1963, patinoarul artificial Vákár Lajos în 1970, Spitalul Judeţean şi Policlinica în 1972, Galeria Nagy Imre în 1973, clădirea Consiliului Judeţean, Casa de Cultură a Sindicatelor şi Universităţii Sapientia în 1986.

Cele mai importante construcţii din oraş sunt biserica catolică din strada Florilor construită în 1758 şi complexul din Şumuleu, compus din mănăstirea din secolul al XVII.-lea, şcoala şi biserica din secolul al XIX.-lea, Bisericile ortodoxă şi greco-catolică din centrul construite în secolul al XX.-lea.

Avansarea localităţii la rangul de sediu al Judeţului Ciuc (1876) a adus după sine stabilirea în oraş a unei pături de intelectuali, mai ales avocaţi. În anii 1870 s-a înfiinţat o şcoală superioară populară şi o şcoală superioară de agricultură. Din anul 1880 funcţionează în oraş şi un gimnaziu de fete.

Azi oraşul a devenit un centru de învăţământ important, fiind totodată şi un centru universitar. Cea mai importantă instituţie de învăţământ din oraş este Liceul Márton Áron, cu o tradiţie de peste 400 de ani, care s-a mutat în oraş în 1911 din Şumuleu o dată cu construirea clădirii actuale. Liceul de limba română poartă numele lui Octavian Goga. Totodată oraşul este şi un centru al artelor plastice maghiare din Transilvania, aproape 50 de artişti plastici cunoscut trăiesc în oraş.

Muzeul Secuiesc al Ciucului are colecţii etnografice, de carte veche, arheologice, de artă plastică şi de ştiinţele naturi foarte valoroase. Galeriile Nagy Imre reprezintă o valoare deosebită pe această paletă bogată.

Primul ziar apărut aici este "Hadi Lap" (1849), urmat de "Székelyföld" (1881-1885), "Csíki Lapok" (1888-1944), "Csíki Néplap" (1931-1944) precum şi revista "Csíki Gazda" (1886?-1914?). După cel de al doilea război mondial în oraş au apărut mai multe publicaţii, dintre care cele mai importante sunt "Hargita" (1968-1989), "Informaţia Hanghitei" (1968-1989), "Hargita Népe" (1989-) şi "Adevărul Hanghitei" (1989-). Din 1997 reapare "Székelyföld", revista culturală a Secuimii.

După 1989 în oraş au luat fiinţă mai multe edituri (Alutus, Pallas-Akadémia, Pro-Print).

Mai mulţi oameni de seamă şi-au legat numele de numele oraşului, cum sunt Kájoni János (P. Joannes Kájoni), Ábrahám Ambrus profesor de ştiinţele naturii, Molnár József (sec. XIX.), medicii Hirsch Hugó şi Nagy András, etnograful Kovács Dénes, geologul şi profesorul Kristó András, episcopul Márton Áron, pictorul Nagy Imre, cei doi Nagy István, pictorul şi dirijorul, profesorul universitar, istoricul Pataki József, dirijorul şi profesorul de muzică Sarkadi Elek, muzicologul Sárosi Bálint, pictorul Szopos Sándor, sociologul şi profesorul universitar Venczel József şi mulţi alţii.